回答:

この問題は単なる料金の違いだけでなく、「指定席の切符を持っていて自由席に着席する」ことも基本的には許可されていないとのことです。JRの各旅客会社には、旅客営業規則があり、そこで「指定席特急券は指定された列車の指定された席にのみ乗車可能」と規定されているためです。